docs(mvp): update RAG docs for py-rag extraction

- rewrite RAG architecture doc for py-rag service contract mapping, ingest and rebuild ops
- refresh observability/trace doc for post-L0 single-attempt semantics
- add py-rag chain exploration note; mark superseded Milvus/L0 notes with status banners
- close ISS-017 (superseded by L0 sinking); mark knowledge_domain table orphaned
- refresh architecture/mvp/engineering indexes

mvp/engineering/harness/Harness RAG 检索体系学习笔记-从 query 到可验证证据.md

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 # Harness RAG 检索体系学习笔记：从 query 到可验证证据
 
+> **现状说明（2026-09-29）**：RAG 模块抽离后，本文「检索前 L0 导航」与
+> `MilvusHybridKnowledgeStore` / `KnowledgeQueryTransformer` 相关章节描述的类已删除
+> （L0 与向量检索下沉 py-rag 服务端）；检索后处理/打包/投影/审计部分仍然现行。
+> 当前架构见 [../../architecture/RAG知识检索架构.md](../../architecture/RAG知识检索架构.md)。
+
 **更新日期**：2026-08-03
 **主题**：lookup_knowledge 完整后端链路——检索前/检索/检索后/打包/组装/降级/契约/验证
 **设计文档**：`mvp/engineering/rag/`（RAG 排序、Hybrid 质量分、relevance_level 等）

mvp/engineering/harness/Harness 整体架构学习笔记-从装配到入口到记忆到知识库写入.md

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 # Harness 整体架构学习笔记：从装配到入口到记忆到知识库写入
 
+> **现状说明（2026-09-29）**：RAG 模块抽离后，本文「知识库写入链路」章节描述的
+> `KnowledgeIndexService` / Milvus 写入路径已删除（入库下沉 py-rag `documents:ingest`）；
+> 其余装配/入口/记忆章节仍现行。当前架构见
+> [../../architecture/RAG知识检索架构.md](../../architecture/RAG知识检索架构.md)。
+
 **更新日期**：2026-08-04
 **主题**：整体架构五块补充（了解层面）——配置装配中心 / HTTP 入口层 / 会话系统与记忆体系 / 知识库写入链路
 **配套**：九域主线笔记（core/retry/progress/tool/guard/release/agent/audit/contract 全 ✅）