feat(harness,rag): dual LLM audit fields, run conclusion, and hybrid quality

Persist provider reasoning and assistant text separately on agent_reasoning_audit
(DeepSeekAssistantMessage path), extract diagnosis_run.conclusion, enrich RAG
tool audit (step_id/query/qualityScore), gate empty mysql tools, drop devtools,
and align MVP docs after live E2E verification.

docs/INDEX.md

@@ -53,6 +53,18 @@ docs/
 1. [分析笔记目录](analysis/) - 代码分析和问题分析
 2. [临时报告目录](reports/) - 修复和验证报告
 
+### RAG 设计讨论（docs 根目录）
+1. [RAG 排序：多路召回与 RRF](RAG排序-多路召回与RRF.md) - K、融合、L0 边界
+2. [Hybrid 之后的 qualityScore 与后处理](RAG-Hybrid质量分与后处理.md) - 上一代问题、L2 伪装、统一归一化
+3. [Agent 如何读 relevance_level](RAG-Agent如何读relevance_level.md) - 粗相关度标签的含义与误读
+4. [RAG 离线评测：讨论、设计与落地](RAG离线评测-基线设计.md) - Golden/Fixture、流程图、hybrid 对齐与闸门修复
+5. [Milvus hybrid 接入清单](Milvus-Hybrid接入清单.md)
+6. [RAG Trace / 审计（架构）](../mvp/architecture/RAG检索可观测性与审计.md) - 请求内 trace、tool_invocation、Trace API
+
+### 诊断全流程（E2E 导读）
+1. [一次诊断到底发生了什么](一次诊断全流程-E2E导读.md) - SUCCESS 全流程：阶段拆解、token、timeline、字段词典
+2. [RAG 审计补丁 E2E：step_id + query](RAG审计补丁-stepid-query-E2E验收.md) - 审计字段 live 验收（含业务 FALLBACK 样本）
+
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 ## 📚 学习笔记 (learning/)