docs: sync reader-digest-flow skill with Hermes version (absolute path, extract_failed handling, rerun include_read)

skills/reader-digest-flow/references/flow.md

@@ -62,6 +62,12 @@ inspect_resume_plan
 
 不要按 `summary-batch`、`item-XX` 和候选数组的相同位置推断它们是同一篇文章。
 
+### extracted 文件与候选编号错位（实测 2026-07-31）
+
+- `digest-brief.json` 的 `top_candidates` **没有 `item_id` 字段**，只有 `url`；
+- `extracted/item-XX.extracted.json` 的文件名序号与候选编号**可能不一致**（实例：候选2 = item-05、候选3 = item-02）；
+- 正确做法：用 **URL 交叉匹配**（归一化 `%3D`→`=` 后逐条比对），或用完整 `item_id`（从 candidate-batch.json 的 `items[i].item_id` 按候选数组顺序取）在 extracted 文件里反查；两者都能验证时优先 item_id。
+
 ## 3. Hugo 日报
 
 用户确认发布文章后：
@@ -99,6 +105,27 @@ http://127.0.0.1:14322/daily/YYYY-MM-DD/
 5. `selected_ids` 传完整、非空、去除 `cand:` 前缀后的 `item_id`；
 6. 从 Job 结果的 `written_paths` 读取 Markdown。
 
+### ⚠️ extracted_path 必须用绝对路径
+
+`summary-mcp` 进程的工作目录是 `/root/.hermes`（不是 reader 项目根）。传相对路径（如 `outputs/freshrss/...`）会直接报 `extracted_path does not exist`。必须传绝对路径：
+
+```text
+/home/ubuntu/zhu/github/reader/outputs/freshrss/rerun/<run_dir>/extracted/item-XX.extracted.json
+```
+
+### ⚠️ 候选编号 ≠ extracted 文件名顺序
+
+候选数组顺序与 extracted 文件名（`item-01`…`item-07`）**不一定对齐**（实测候选2 落在 item-05）。`digest-brief.json` 的候选**没有 `item_id` 字段**，只有 URL。可靠匹配方法：
+
+1. 从 `candidate-batch.json` 取每项完整 `item_id`（在 `candidate` 嵌套对象里，顶层 `item_key` 只是 `item-XX` 文件名序号）；
+2. 或按 URL 匹配：归一化（`%3D`→`=`）后与每个 extracted 文件的 `article.url` / `article.canonical_url` 比对；
+3. 绝不要按候选位置对应 extracted 文件序号。
+
+```python
+def norm(u): return u.replace('%3D','=').replace('%3d','=').strip()
+# 对每个 extracted 文件取 norm(article.url)，与候选 norm(url) 精确比对
+```
+
 正式序列：
 
 ```text